リン酸化酵素による DNA 複製開始の制御メカニズム

国立遺伝学研究所のホームページには、
最新の研究ニュースが掲載されていて、
研究室のメールアドレスもわかるんですね。

国立遺伝学研究所 - National Institute of Genetics
http://www.nig.ac.jp/index-j.html

紹介されていた研究に、
「リン酸化酵素によるDNA複製開始の制御メカニズムを解明」
というのがありました。
http://www.nig.ac.jp/hot/2006/araki0612-j.html

これを見ますと、
「Sld2とSld3のリン酸化が、DNAの複製を開始させるための、必要かつ十分な条件」
とありますね。

思ったのは、複製されうるＤＮＡが存在する状態ならば、Sld2とSld3のリン酸化が複製の引き金となるでしょうが、
なぜそこに複製されうるＤＮＡが存在していたのだろうか、という疑問です。

こんな疑問を投げかけたなら、研究者は真っ赤になって怒り出すかもしれませんが、質問してみるかどうかが問題です。

創造目的学会を親しく知ってもらうためにはどのようなアプローチをしたらよいでしょうね。

Re:Re:[ ＧＡＤＶ ]- タンパク質ワールド仮説

> ＲＮＡワールドからの進化が不可能だったことがわかっただけでもとても参考になりました。

私もヒューロスの本で既にＲＮＡの自然発生自体否定されている内容だということを読みましたが、今回の内容のほうが具体的で参考になりました。


> ただ、進化論者特有の「メカニズムの厳密さに欠ける点」は、池原博士も変わらない感じですね。

文章に・・・そうなり得たのである。・・・そうなったのである。・・と自明のこととして淡々と書いてある箇所があるので見過ごしてしまいがちですが、理論上まだ解明されていない箇所をすでに起き得た自明のこととして疑問を抱かせないような文体にしているというのがちらほらとあるようには感じます。
また、すでに解明されているシステムを挿入して説明することにより、この延長上で解明し得るのだという論理展開であると思います。


> そこですよね。
> メカニズムは、完成していなければ無いのに等しい、というところですよね。
> 車なら、99％完成していても、発火プラグがないだけで、ぜんぜん走りません。
> 発火プラグはいくらでもない部品ですけれど、それが揃っていないと車は１ｃｍも動かないんですよね。
> それなのに、進化論者は、ちょっとぐらいなら動くだろうと考えるところがありますね。


そうですね。大雑把にでもつながっているように思えれば、あとは自然の力がつなげたのだ。それは太陽から降り注ぐ光と自然の相互作用の物質循環でおこるネゲントロピーによる自己組織化だという具合に、そこで経済用語のようなものや数式を出して、既に出来上がった例を示して、それは可能だというわけです。


ですが、この本は共生循環のなかでの人間のあり方を共生科学という新しい視点からのメッセージに込めた内容で、まだ全部読んでいないのでわかりませんが、参考になる内容はありそうです。引き続き読み進んでいきます。ちょっと教科書的な硬い内容で時間がかかっていますが・・。

また、さらに「地球生物学」と「宇宙創成から人類誕生までの自然史−140億年の９つの進化を探る−」を中古があってよさそうだったので購入しました。このうち「宇宙創成から人類誕生までの自然史−140億年の９つの進化を探る−」は非常に各内容がまとまっていて参考になりそうです。

「宇宙創成から人類誕生までの自然史−140億年の９つの進化を探る−」

目次

1 時空の進化―宇宙の始まり
2 粒子の進化―原子が誕生するまで
3 天体と元素の進化―天体の中で元素をつくる
4 太陽系の進化―地球の誕生
5 地球の進化―プレートとプルーム
6 有機物の進化(化学進化)―生命の誕生
7 単細胞生物の進化―進化と共生
8 高等生物の進化―生物の多様化
9 人類の進化―文明の誕生

「地球生物学」

目次

現代の地球観
地球の誕生
地球の年齢
地球史を記録する地層
生命を記録する化石
地質年代と編年
生命の起源
先カンブリア代の世界
古生代―三葉虫の時代
中生代―爬虫類の時代〔ほか〕

Re:[ ＧＡＤＶ ]- タンパク質ワールド仮説

文献のご紹介ありがとうございます。
ＲＮＡワールドからの進化が不可能だったことがわかっただけでもとても参考になりました。

まだざっと目を通しただけで、もう一度じっくり読んでみたいと思いますが、
進化の過程として[ ＧＡＤＶ ]- タンパク質ワールドを経た可能性のほうが高かったことを示した点はとても注目に値すると思いますし、そうなのかもしれませんね。

ただ、進化論者特有の「メカニズムの厳密さに欠ける点」は、池原博士も変わらない感じですね。


> 彼らはどうやって成り立つかを優先しますから、ただ成り立たないから神様、では納得しないという世界があるため、逆にそのよりどころとしている物質の相互作用こそ彼らが見落としている相対的関係であることをいうことができればと思います。

そこですよね。
メカニズムは、完成していなければ無いのに等しい、というところですよね。

車なら、99％完成していても、発火プラグがないだけで、ぜんぜん走りません。
発火プラグはいくらでもない部品ですけれど、それが揃っていないと車は１ｃｍも動かないんですよね。
それなのに、進化論者は、ちょっとぐらいなら動くだろうと考えるところがありますね。

[ ＧＡＤＶ ]- タンパク質ワールド仮説

この[ＧＡＤＶ]-タンパク質ワールドは生体で現在作られているタンパク質とは別物であり従来のタンパク質ワールドと異なるものです。ＧＡＤＶで出来る単純なものから生じるというものでそれがＲＮＡワールドを補う新説として注目されている点です。

ただし、この生成の基礎理論の前置きとして物質の持つ相互作用の特性プラス冷却と外部エネルギーによるネゲントロピーによる自己組織化作用を説明しています。すなわち、物質の相対的関係と環境エネルギーの循環的共生作用というのを純粋な物理的作用として哲学的な基礎理論としているので、ある意味、究極の原理型非原理の説明がなされているようにも私には感じられました。

ただし、相対的関係と環境エネルギーの微調整を理論のなかに見出してその背後に先有条件を設定した神様を見出せるような説明が可能であるならこういった科学者へアプローチする道が見えてくるかもしれません。彼らはどうやって成り立つかを優先しますから、ただ成り立たないから神様、では納得しないという世界があるため、逆にそのよりどころとしている物質の相互作用こそ彼らが見落としている相対的関係であることをいうことができればと思います。

Re:タンパク質ワールド仮説

> 【第５法則】擬似複製からトータルとしての自己複製システムヘ生命活動にとって，最も重要な自己複製システムの完成は，単一分子では不可能であり，２重鎮構造を持つＲＮＡまたはＤＮＡとそれを触媒するタンパク質からなる複合システムの出現まで待たなければなかった。

ここが問題ですよね。
「待たなければならなかった」でさらっと飛ばしてしまっていますが、
唯物的に考えればいくら待っても複合システムが出現する道理がありませんよね。


> 【第６法則】多様な相互作用と鍵と鍵穴（複雑化への道筋）現在の地球上に見られる生命システムは極めて巧妙で，見事に作り上げられている。このことが可能となったのは単純なタンパク質の会合からはじまる単純なシステムから，より複雑なシステムヘの階層構造であり，これを可能にしたのはタンパク質を中心とする多様な相互作用による鍵と鍵穴を基礎とする相補性の積み上げによるものである。

まさに創造原理通りですね。


> 地球の初期の大気は、科学者がいう「還元的な」、すなわち水素の豊富な環境ではなくて、たぶん火山によって放出されたガスから成っていた。

> これらの火山のガスをミラー＝ユーリーの実験装置の中に入れたらどうなるか。実験はうまくいかない―すなわち、いかなる生命の「組み立てブロック」も生じないのである。

私もこの話を聞いたことがあります。
謎の部分ですね。


> 　ただ、今後、この仮説は著者の説明によればＲＮＡワールドよりも合理的とは思われるので注目されるかも知れません。

ファミリーフォーラムのＤＶＤ「生命の謎に迫る−岐路に立った進化論−」
は知的デザイン説についてのＤＶＤですが、
http://www.ffj.gr.jp/new/video.htm
（これまでビデオだけでしたが、最近ＤＶＤが新発売されたようです）
そのサンプル映像（ホームページから見ることができます）にも出てくる
ディーン・ケニオン博士の話を聞くと、
ＤＮＡなしでどうしてたんぱく質ができたのかが説明できない、
と言っていますね。

ＤＮＡとたんぱく質は二性性相の相対的関係にあるのかもしれませんね。

タンパク質ワールド仮説

　タンパク質ワールド仮説というのが生物起源の新しい仮説としてあることを「自然学」で知りました。

自然学　自然の「共生循環」を考える
http://www.press.tokai.ac.jp/bookdetail.jsp?isbn_code=ISBN4-486-01561-4
http://store.shopping.yahoo.co.jp/boox/bk-4486015614.html

進化的起源説では最もそれらしいもののように感じます。
http://www.origin-life.gr.jp/Japanese/

　ただし、私には、一見、下記の「自然学」からの引用の内容は唯物的内容のみで成り立つように見えますが、相対的関係なしでは成り立たない内容であると思われる内容が基本的な相互作用の中にあると思います。

生命誕生のベースとなる基本法則

【第１法則】地球上で起こった現象は，全体としてはより単純なものからより複雑なものへと，科学的な原則の下で起こる必然的な流れに沿って進行する。

無機物　→　単純な有機酸　→［ＧＡＤＶ］−アミノ酸　→　[ＧＡＤＶ]-タンパク質ワールド　→　ヌクレオチドの形成　→　タンパク質-ＲＮＡワールド　→　現在の生命システム（タンパク質-ＲＮＡ-ＤＮＡワールド）


【第２法則】水の惑星（地球）で生まれた生命は，親水性化学物質と疎水性（油性）の化学物質との相互関係によって，内と外の関係を生み出し生命の誕生へとつながった。

球状タンパク質の形成　→　物質循環システムの形成　→　細胞膜の形成　→　生命システムの形成


【第３法則】（低）分子の重合と高分子に見られる水中での分子内相互作用（単位とその集積）によって組織化が進んだ。

アミノ酸とタンパク質，ヌクレオチドと核酸，糖と多糖，脂肪酸と脂質，タンパク質サブユニットとタンパク質複合体，細胞と器官・組織，多細胞生物


【第４法則】生命誕生への道筋の基本は以下のようである．

タンパク質（アミノ酸）→　核酸（ヌクレオチド）→　細胞膜（脂質）

生命の基本システムは，遺伝子とその情報にしたがって形成されるタンパク質，タンパク質が実行する代謝，およびそれらを包み込む細胞膜から成り立っている。しかし，その中でも最も基本となっているのが，生体触媒（酵素：タンパク質）であり，その生体触媒が行う代謝である。なぜなら，［ＧＡＤＶ］−タンパク質ワールドから生命の起源に至る第一歩が踏み出されたのであり，代謝の原型がそこに見られるからである。


【第５法則】擬似複製からトータルとしての自己複製システムヘ生命活動にとって，最も重要な自己複製システムの完成は，単一分子では不可能であり，２重鎮構造を持つＲＮＡまたはＤＮＡとそれを触媒するタンパク質からなる複合システムの出現まで待たなければなかった．したがって，それ以前に見られたシステムは自己複製システムではあり得ず，あったとしても擬似複製システムでしかあり得なかった．その意味でも，［ＧＡＤＶ］−タンパク質による擬似複製は他の色々なシステムを想像しても最も簡単で効果的なシステムであると考えることができる。


【第６法則】多様な相互作用と鍵と鍵穴（複雑化への道筋）

現在の地球上に見られる生命システムは極めて巧妙で，見事に作り上げられている。このことが可能となったのは単純なタンパク質の会合からはじまる単純なシステムから，より複雑なシステムヘの階層構造であり，これを可能にしたのはタンパク質を中心とする多様な相互作用による鍵と鍵穴を基礎とする相補性の積み上げによるものである。



　また、[ＧＡＤＶ]とは、ミラー＝ユーリーの実験で出来るグリシン［Ｇ］，アラニン［A］，アスパラギン酸［Ｄ］、バリン［Ｖ］で構成されるタンパク質を意味しているらしいが、
ジョナサン・ウェルズによれば、
「1970年代、科学者たちが、地球初期の大気は決してミラーとユーリーによって用いられたガスの混合のようなものでなかった、という結論を出し始めたときにやってきた。地球の初期の大気は、科学者がいう「還元的な」、すなわち水素の豊富な環境ではなくて、たぶん火山によって放出されたガスから成っていた。今日この点について、地球化学者たちはほとんど意見が一致している。しかし、では、これらの火山のガスをミラー＝ユーリーの実験装置の中に入れたらどうなるか。実験はうまくいかない―すなわち、いかなる生命の「組み立てブロック」も生じないのである。」
とあるから、仮にそうであっても神様がミラーの実験のような特殊な環境をその中に何らかの奇跡的な所業でつくらない限り出来ない
ということになるかも知れません。

　ただ、今後、この仮説は著者の説明によればＲＮＡワールドよりも合理的とは思われるので注目されるかも知れません。